很多人在使用過移動環保廁所后發現，在抽完馬桶之后，只有很少的氣味遺留，不像之前的廁所，每次上完廁所都臭氣熏天的，很多人奇怪這個問題，其實這和移動環保廁所獨有的污物處理方式是離不開的。
目前所使用的移動環保廁所糞便的處理方法如下：
一、水沖與無水沖抽吸式移動廁所：
水沖式移動廁所內有水沖裝置，一般將水箱置于廁所頂部，廁所底部設置有污水箱，而無水沖式移動廁所則沒有沖水裝置，由設置于廁所底部的污水箱直接承接使用人員的排泄物。由于這兩種形式的移動廁所污水箱容量較小，當使用到規定人數時，需要及時抽吸，否則容易發生滿溢事件，抽吸頻率較高。
二、干式打包型移動廁所：
該種移動廁所沒有水沖裝置，排泄物由放置于潔具下部的可降解塑料袋承接，每使用一人次，自動換置另一新的塑料袋，用完后將塑料袋集中收集運往處理廠處置。這種移動廁所的特點是完全不用水沖，節約水資源，污物收集比較方便。
三、循環水沖型移動廁所：
該種移動廁所配置有間歇式好氧與厭氧處理糞便污水裝置，另再添加生物菌種，運用生物膜技術，加速糞便污水的發酵分解，然后通過過濾裝置，將經處理的糞便污水再循環用于沖洗廁所潔具，其特點是運用了先進的糞便污水處理技術，節約寶貴的水資源，減少糞便污水抽吸次數，環保理念得到充分彰顯。
